彼は、修道会の名前をさがすために聖書を開いたとき、ローマ書５章１１節の中にある「アトンメント」という言葉に行き当たりました。「アトンメント」とは「和解」と訳されますが、at・one・mentと綴りを分けて語源を探れば、「ひとつになる」「一致」の意味を持つ言葉でした。彼はこの「アトンメント」の言葉に神と人との和解・一致、すなわち主キリストが十字架を通じて贖いの犠牲となられたことの結果を見出したのでした。
そして１８９８年、彼は彼の考えに共感して立ち上がったルレーナ・ホワイト修道女（マザー・ルレーナ）を共同創立者としてニューヨーク郊外で「アトンメントのフランシスコ会」を創立し、聖ペトロの巌の上に建てることを宣言、キリスト教の一致と自らをカトリックの教義のもとに置くことを希望しました。１９０９年、「アトンメントのフランシスコ会」と数名の信徒は、教皇ピオ１０世にローマ・カトリック教会への受け入れを願い出て受理され、カトリックの修道会としてその活動の輪を広げていったのです。
ポール・ワトソン師
戦争終結後しばらくして、カナダで活動していた日本人、勝野巌神父は、アトンメント会の修道士が日本で働く可能性について日本国内の修道会に問い合わせ、そのための必要書類を会のラファエル・グランデ総長に提出しました。
グランデ総長は日本宣教の代表者として、アルフォンサス・ホーバン神父を１９４８年、日本に派遣します。ホーバン神父はカトリック大阪教区、横浜教区との折衝を経て、グランデ総長の許可により、横浜教区での司牧を決断し、その旨を横浜教区長に願い出て、横浜教区長から、川崎・鶴見地区での宣教活動が認められました。
こうして、現在教会がある横浜市鶴見区東寺尾に、アトンメント会の修道院が開かれ、併設する教会である鶴見教会は産声を上げました。
聖母マリア奉献の祝日の翌日であるこの年の１１月２２日、ホーバン神父が初めてのミサを捧げると、やがてそれを聞いた数名の信者がミサに集まってくるようになりました。
翌１９４９年、修道会活動のために７名の神父、修道士が米国から派遣されてきました。その中には日本での会の活動の活路を開いた勝野巌神父や、やはり日本人の佐藤嘉雄神父の姿もありました。当時は物資も乏しい時代でしたが、古着を配る等の慈善活動もしながら宣教を始めます。川崎・鶴見の小教区にはアトンメント会の来日前に、「小さき花のテレジア」新子安教会があり、その信者の一部が鶴見教会に移籍しました。
１９５０年には、バレンタイン神父やエリック神父を含む宣教師４名も派遣されてきました。こうして本格的な日本での活動が軌道に乗ってきました。この時期、アトンメント会は鶴見教会の兄弟である、いくつかの教会を立ち上げます。
新子安教会（＊）（１９４９）、津久井教会（＊）、貝塚教会（１９５０）、強羅教会、秦野教会（１９５１）、
（（＊）印は他の会の教会を引き継ぐ）
この同じ土地に翌１９５２年、アトンメント会は聖ヨゼフ学園を開校させました。その後同学園は中学校、高等学校を増設し、鶴見教会が居なくなった後もここで活動を続けています。
ここでの鶴見教会の活動は１９７０年まで続きましたが、この間にアトンメント会が創設した鶴見教会の兄弟は、次の教会です。
菊名教会（１９５７）、中原教会（１９５８）、浅田教会（１９６０）、鹿島田教会（１９６１）
丘の上の教会
新しい鶴見教会
そしてアトンメント会は来日以来日本人の聖職志願者を受け入れ、育てていきましたが、１９８９年以降は以下の日本のアトンメント会で育った神父が主任司祭を務めて今日に至っています。
平松神父（１９８９〜９５、２００４〜２００８）、白木神父（１９９５〜２０００）、藤原神父（２０００〜２００４、２００８〜現在）
またアトンメント会の来日と共に鶴見教会と歩んできた勝野神父は、２００２年にその生涯を閉じ帰天しました。
鶴見教会では近隣の日本キリスト教会鶴見教会と、毎年１月のキリスト教一致祈祷週間に合同祈祷集会を開くなどの活動を行っています。